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内細菌が増殖する際に生成するヒスチジン脱炭酸酵素(英語版)によってヒスチジンがヒスタミンへ変換される。 そのほか、海洋中に生息する好塩菌のフォトバクテリウム属などもヒスタミンを生成し、低温度下では腸内細菌系のヒスタミン産生菌よりヒスタミンを生成する能力が高い。
ウロカニン酸尿症(ウロカニンさんにょうしょう)とは、ウロカナーゼ(英語版)を欠損したヒトにおいて、ヒスチジンからアミノ基を取り外した結果発生するtrans-ウロカニン酸が体内に蓄積し、trans-ウロカニン酸が尿中に異常高濃度で排泄されてくる病態である。なお、trans-ウロカニン酸はウロカニン酸尿症
ヒスチジンtRNAリガーゼ(Histidine—tRNA ligase、EC 6.1.1.21)は、以下の化学反応を触媒する酵素である。 ATP + L-ヒスチジン + RNA ⇌ {\displaystyle \rightleftharpoons } AMP + 二リン酸 + L-ヒスチジルtRNAHis