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結合を介した分子内の原子の距離は結合距離(けつごうきょり、bond distance)、結合の長さ(けつごうのながさ、bond length)、原子間距離(げんしかんきょり、interatomic distance)などと呼ばれる。 前述のような原因の斥力と引力とで結合力が決定づけられるので、原
構造の保持を助ける。さまざまな共通の安定構造が多くの機能上及び進化上関係の無いタンパク質に見られる。例えば、多くのタンパク質がTIMバレル(トリオースリン酸イソメラーゼに由来する名称)に似た構造を取る。他の共通の特徴に、4本のαヘリックスで構成される高安定の二量体コイルドコイル構造
ポリペプチド鎖のC末端のカルボキシル基も以下のような修飾基と共有結合している。 アミド化 C末端でも、アミド基が付加すると負電荷が打ち消される。 グリコシルホスファチジルイノシトール(GPI)付加 グリコシルホスファチジルイノシトールは大きな疎水性のリン脂質であり、タンパク質を細胞膜上に繋ぎとめる。この基はC末端
構造は天然状態のタンパク質では希であるが、タンパク質の折り畳みの重要な中間体としてしばしば仮定されている。締まったターンと緩く柔軟なループはより「常連」の二次構造要素を繋ぐ。ランダムコイルは真の二次構造ではないが、正規の二次構造の欠如を示すコンホメーションの一分類である。 アミノ酸は様々な二次構造
ができる。しかし様々な理由により、正確なサブユニット組成が必ず決定できるとは限らない。 タンパク質複合体に含まれる多くのサブユニットは、無傷のままの複合体(天然溶液条件を要する)の質量や流体力学的分子体積を測定することによって決定できることが多い。折り畳まれたタンパク質では、質量は偏比容 0.73
くさび形(英語版)(くさびがた)またはシーソー形(シーソーがた)は、中心原子に対する4つの結合があり、全体としてC2v対称性(英語版)を持つ分子の幾何配置の一種である。「シーソー形」という名称は、遊び場のシーソーのように見えることから来ている。最も一般的には、中心原子への4つの結合は四面体形または
形状がある程度単純なものにしか適用できない。 格子点の配分の調節が困難である。ある(精度が必要な)部分に格子点を集中させると、他の領域の格子も不必要に密になり非効率になる。 が挙げられる。 O形 空間の中にある物体から放射状に伸びる格子。全体の格子数に対して物体境界に多くの格子数を配置できる。翼型などの場合、後縁付近の格子の直行性を維持できない。
(1)全体を形づくっている種々の材料による各部分の組み合わせ。 作りや仕組み。