De novoタンパク質構造予測とは?

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De novoタンパク質構造予測

計算生物学において、de novoタンパク質構造予測（デノボたんぱくしつこうぞうよそく、英: de novo protein structure prediction）は、アミノ酸の一次構造からタンパク質の三次構造を予測するアルゴリズムのプロセスである。この問題は、何十年にもわたって第一線の科学者

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タンパク質構造予測

マトリックスまたはスコアリングマトリックスとも呼ばれる。位置特異的スコアリングマトリックス-3D （構造の文脈）同じ構造クラスに分類されるタンパク質のアライメントに見られるアミノ酸のバリエーションを表す。マトリックス

De novo

de novo は、ラテン語で「新たに」「再び」を意味する言葉。生化学においては、数種類の異なる反応がde novo 反応またはde novo 経路と呼ばれている。例として、ヌクレオチド・コレステロール・セラミドなどがある。医学においては、de novo cancer や de novo B型肝炎などと用いられる。

タンパク質構造

0以下のアミノ酸から構成されるものは、しばしばタンパク質ではなくペプチドと呼ばれる。その機能を発現するために、タンパク質は水素結合、イオン結合、ファンデルワールス力、疎水結合などの力によって、特有のコンフォメーションをとるように折り畳まれる。分子レベルのタンパク質の機能を理解するには、その三次元構造

タンパク質構造データベース

データベースでは配列に基づいた問い合わせを実行する手段も提供しているが、構造データベースの主な属性が構造情報であるのに対し、配列データベースは配列情報が中心で、ほとんどのエントリには構造情報は含まれていない。タンパク質構造データ

ウイルス構造タンパク質

たんぱくしつ、英: viral structural protein）とは、成熟したウイルスの構造的な構成要素となるウイルスタンパク質のことである。例として、 SARSコロナウイルスの3aおよび7aアクセサリータンパク質（英語版）があげられる。バクテリオファージT4（ファージT4）のビリ

ウイルス非構造タンパク質

(ロタウイルス)（英語版）インフルエンザの非構造タンパク質（英語版） NS1インフルエンザタンパク質（英語版） HBcAg（英語版）- B型肝炎のコア抗原 ^ Viral Nonstructural Proteins - MeSH・アメリカ国立医学図書館・生命科学用語シソーラス（英語）ウイルス構造タンパク質

タンパク質

千万から数億単位になるウイルスタンパク質まで多くの種類が存在する。タンパク質のうち、連結したアミノ酸の個数が少ないものをペプチド、ペプチドが直線状に連なったものをポリペプチドと呼びわけることも多いが、明確な基準は無い。タンパク質は、炭水化物、脂質とともに三大栄養素と呼ばれ、各々の英単語の頭文字

タンパク質立体構造分類データベース

SCOPのほとんどのページには検索ボックスがある。「trypsin +human」と入力すると、「ヒトのトリプシノーゲン」タンパク質を含む、いくつかのタンパク質が検索される。そのエントリーを選択すると、ほとんどのSCOPページの上部にある「系統」（Lineage）を含むページが表示される。 Protein: Trypsin(ogen) from